Сразу обозначу к чему нам следует готовится: взять лист или файл для примера, поставить подпись и печать, сканировать, обрезать в фотошоп-подобном редакторе и сохранить в разных файлах, если нужно наложение подписи и печати на друг друга и поля, то в формате png без фона, если этого не требуется и устраивает пример в самом низу страницы, то сохраняйте в любом формате(jpg, png, bmp).
Переходим в раздел «Главное» -> «Организации»


Выбираем нашу организацию:

Добираемся и раскрываем пункт «Логотип и печать»:

Можно для примера перейти по «Инструкция Как создать факсимильную подпись и печать» и распечатать такой файл и передать его бухгалтеру:

Естественно обрезать файл нам всё равно придётся…


Примечание*:
Самое забавное, что 1С изначально не правильно располагает подписи и печать на документе: «Оттиск нужно проставлять таким образом, чтобы он частично захватывал наименование должности лица, подписавшего документ, а подпись и реквизиты печати были хорошо видны.»

Временное решение: При предварительном просмотре печати счета, можно перетащить подписи с печатью, но для этого файлы должны быть в png и прозрачными.
Ну и соответственно всё нацелено на то, чтобы наставить Вам палки в колеса, вы не смогли разобраться и вызывали 1С Программистов, которые изменили бы Вам макет*ы для печати ~ 5 т.р. за каждый.
Продолжение как изменить макет напишу позже, всем спасибо, удачи!